바이든의 아들은 2015년 병으로 별세한 형 보 바이든의 부인인 할리 바이든(Hallie Biden)과 열애를 하고 있음이 밝혀져 미국 사회에 충격을 주었다. 게다가 당시 헌터는 부인과 별거 중이었지만 법적으로 유부남으로 이는 근친상간이자 간통이었다. 조 바이든은 이에 대하여 그들의 관계에 찬성한다고 밝혔다. 바이든은 '외로운 사람들끼리'라는 말로 둘 사이를 두둔하며 여론을 무마했다.
두 사이는 그닥 오래가지 못했고 헌터 바이든은 2019년 남아프리카공화국 출신의 영화계 인사인 멜리사 코헌(Melissa Cohen)과 결혼했다고 한다.
형수와 관계를 맺던 시기에 다른 여성과도 관계를 맺어 사생아를 낳았다. 아칸소 주에 사는 한 여성이 헌터가 자신 아이의 친부임을 확인하는 유전자감식 감정서를 법원에 제출했는데, 헌터는 앞서 재판에서 아이의 친부임을 부인했다. 그런데 친자로 확인된 아이의 엄마와 관계를 가진 시기가 형수와 함께 지내던 시기와 겹쳤다. 즉 그는 형수와 부적절한 관계를 갖던 시기에도 동시에 다른 여자와 관계를 가진 것이다. 법원의 친부 확인 결과, 16개월된 이 아기는 헌터의 아이로 판명났음에도 불구하고 헌터 바이든은 “그 여성과 관계를 맺은 적이 없다”고 우기다 결국 인정하고 양육비를 지급했다. 차남 헌터 바이든의 사생아 논란에 초기에는 허위사실로 일축하던 조 바이든은 사생아가 헌터 바이든의 친자로 판명나자 입장표명을 하지 않고 침묵으로 일관했다.
영국 언론 데일리 메일에 따르면 헌터 바이든과 관계를 맺은 여성은 워싱턴 DC의 Mpire Club에서 'Dallas'라는 이름으로 스트리퍼로 활동하던 '랭던 로버츠(Lunden Roberts)' 라는 28세의 스트리퍼로 헌터 바이든은 아내인 멜리사 코헨이 출산이 얼마남지 않았다는 이유로 법원에 참석하지 않으려고 하다가 강제 구인장이 발부되자 참석했으며 DNA 판정결과 친자가 분명한데도 책임을 회피하려는 모습으로 일관해 판사에게 맹렬한 비난을 당했고 결국 친자임을 인정했다고 보도했다.
